Clark niezbyt chętnie zabiera się do poszukiwania kamieni, przez co doprowadza do drugiego deszczu meteorytów. Po złączeniu wszystkich kawałków Clarkowi ukazuje się sekretne miejsce zostawione dla niego przez Jor-Ela.
Seria 5 Clark jest już na studiach, gdzie zaprzyjaźnia się ze swoim wykładowcą Miltonem Fine'm. Okazuje się, że on również jest kryptonianinem, jednak nie jest zupełnie tym, za kogo się podaje. Clark i Lana wreszcie schodzą się na poważnie, jednak ich szczęście nie trwa długo. Tajemnica, jaką ukrywa przed nią jej partner, sprawia, że sytuację postanawia wykorzystać młody Luthor, do którego coraz bardziej zbliża się Lana. Jednak oprócz problemów miłosnych Clark musi zmierzyć się z Brainiacem – inteligentną maszyną z Kryptonu, która podszyła się pod jego wykładowcę. Celem Brainiaca jest uwolnienie generała Zoda z Phantom Zone. Na dodatek umiera ojciec głównego bohatera Jonathan. Clark poznaje też nowych herosów – Arthura Curry (Aquamana) i Victora Stone (Cyborga).