Przez dwa kolejne sezony plasował się poza najlepszą dziesiątką klasyfikacji generalnej PŚ. W tym czasie cztery razy stanął na podium, za każdym razem odnosząc zwycięstwo w zjeździe: 28 i 29 grudnia 2006 roku w Bormio, 30 listopada 2007 roku w Beaver Creek oraz 15 grudnia 2007 roku w Val Gardena. W sezonie 2007/2008 dało mu to trzecie miejsce w klasyfikacji zjazdu, w której wyprzedzili go tylko Szwajcar Didier Cuche i Bode Miller. W lutym 2007 roku brał udział w mistrzostwach świata w Åre, zajmując piętnaste miejsce w zjeździe, a superkombinacji nie ukończył.
Trzecią w karierze Małą Kryształową Kulę za zwycięstwo w klasyfikacji zjazdu zdobył w sezonie 2008/2009. Na podium stanął sześć razy, pięć razy w biegu zjazdowym i raz w supergigancie. Odniósł wtedy jedno zwycięstwo, 20 grudnia 2008 roku w Val Gardena był najlepszy w zjeździe. W klasyfikacji supergiganta był szósty, a w klasyfikacji generalnej zajął tym razem ósmą pozycję. Z mistrzostw świata w Val d’Isère w lutym 2009 roku wrócił jednak bez medalu. Zajął tam dwunaste miejsce w zjeździe, a w supergigancie uplasował się jedną pozycję niżej. Podczas rywalizacji w biegu zjazdowym Walchhofer wystartował w niekorzystnych warunkach atmosferycznych (mgła na trasie), ukończył jednak zawody, uzyskując dwunasty wynik.