Po zakończeniu wojny wyjechał do Łodzi, gdzie zaangażował się w tworzenie Wydziału Farmacji na nowo powstałym Uniwersytecie Łódzkim. Stanisław Krauze zorganizował i objął kierownictwo w Katedrze Nauki o Środkach Spożywczych, równocześnie kierował Zakładem Badania Żywności i Przedmiotów Użytku PZH z siedzibą w Łodzi. Będąc jedynym polskim doktorem habilitowanym w dziedzinie bromatologii został w 1947 profesorem zwyczajnym i został kierownikiem Zakładu Badania Środków Spożywczych na Uniwersytecie Warszawskim, zakład ten przekształcono w Zakład Bromatologii. W 1950 zainicjował powstanie „Roczników Państwowego Zakładu Higieny”, których był przez wiele lat redaktorem naczelnym, a następnie członkiem komitetu redakcyjnego. Od 1956 był członkiem Międzynarodowego Towarzystwa Zwalczania Chorób Cywilizacyjnych, był również wiceprzewodniczącym tego towarzystwa. Ponadto należał do Angielskiego Towarzystwa Chemików Analityków, Towarzystwa Analityków i Ekspertów Francuskich, Szwajcarskiego Towarzystwa Chemicznego. W 1958 rozpoczął współpracę z Komisją Rady Europy do spraw Kodeksu Żywnościowego, która w 1962 została przekształcona w organizację FAO/WHO (KKŻFAO/WHO). Przez 8 lat pełnił funkcję ich prezesa.