W 1932 uzyskał stypendium z Funduszu Kultury Narodowej i wyjechał na roczny staż naukowy w Laboratorium Higieny Żywności Państwowego Urzędu Zdrowia w Bernie, uczestniczył tam w pracach nad opracowaniem Szwajcarskiego Kodeksu Żywnościowego. Wspólnie z Theodore von Fellenbergiem opracował test do wykrywania kwasu p-hydroksybenzoesowego, znany jako odczynnik Deniges-von Fellenberg-Krauze. W 1935 został dyrektorem Państwowego Zakładu Badania Żywności i Przedmiotów Użytku. Prowadził badania nad yerba mate, jego promotor prof. Witold Rawita-Witanowski w 1937 przedstawił ich wyniki Radzie Wydziału Farmacji Uniwersytetu Warszawskiego i na tej podstawie Stanisław Krauze uzyskał habilitację.
Podczas II wojny światowej pracował w Zakładzie Badania Żywności i Przedmiotów Użytku Państwowego Zakładu Higieny, współpracował z ruchem oporu oraz uczestniczył w tajnym nauczaniu studentów Wydziału Farmacji Uniwersytetu Warszawskiego. Podczas powstania warszawskiego przebywał w budynku PZH.