Jednym z nich była masakra Kalavrit, w której według raportu Speidela z 31 grudnia 1943 rozstrzelano 758 osóbMartin Zöller; Kazimirz Leszczyński Hrsg.: Fall 7 – Das Urteil im Geiselmordprozeß, gefällt vom Militärgerichtshof V der Vereinigten Staaten von America. VEB Verlag der Wissenschaften, Berlin 1965, s. 172.. 27 kwietnia 1944 został usunięty ze stanowiska i przeniesiony do rezerwy. Od 10 września 1944 do 22 stycznia 1945 Speidel służył jako dowódca dowództwa łączności Naczelnego Dowództwa Luftwaffe na południowym wschodzie. Następnie został na krótko przeniesiony do rezerwy i 14 marca 1945 został dowódcą „Feldjäger-Kommandos III”.
Lata powojenne mały|Speidel na procesie w 1948 roku mały|Spiegel wśród oskarżonych podczas procesu dowódców na Bałkanach Po kapitulacji nazistowskich Niemiec 8 maja 1945 Wilhelm Speidel został wzięty do niewoli przez Stany Zjednoczone. Kraje koalicji antyhitlerowskiej postawiły mu zarzuty podczas procesów norymberskich przeciwko generałom frontu południowo-wschodniego za jego działalność podczas okupacji Grecji. Wilhelma Speidela bronił Joseph Weisberber z pomocą Ericha BergleraRecords of the United States Nuremberg War Crimes Trials, Vol. XI. Washington 1950, s. 763..