Kampania letnia w 1937 roku rozpoczęła się prawdopodobnie 1 maja. 1 lipca usunięto z monitorów i statków uzbrojonych nazwy własne, w celu utrudnienia przeciwnikowi rozpoznania okrętów. 1 września OORP „Generał Szeptycki” i „Generał Sikorski” zostały odstawione do rezerwy. W 1938 roku kampania czynna rozpoczęła się prawdopodobnie w maju. Na przełomie września i października, podczas kryzysu związanego z zajęciem Zaolzia, powodującego napięcie w stosunkach z ZSRR, okręty Flotylli zostały postawione w stan pogotowia wojennego, przygotowując się do zaminowania i zablokowania Prypeci (po wyrażeniu zgody przez rząd Czechosłowacji na zajęcie spornych ziem odwołano pogotowie wojenne i zakończono kampanię).
Mobilizacja i kampania wrześniowa Po wysunięciu przez Niemcy żądań terytorialnych i politycznych wobec Polski i ich ujawnieniu wiosną 1939 roku, 23 marca zarządzono częściową mobilizację Flotylli, w tym „Generała Szeptyckiego”. Po odrzuceniu żądań niemieckich w dniu 26 marca pogotowie wojenne odwołano.