1 czerwca ORP „Generał Szeptycki” został odstawiony do rezerwy (prawdopodobnie w celu wymiany lub wzmocnienia uzbrojenia przeciwlotniczego). Kolejną mobilizację ogłoszono 27 sierpnia 1939 roku, a jej przeprowadzenie nie napotkało na trudności, gdyż okręty były w trakcie kampanii letniej. Jednostki zostały przesunięte na wody w pobliżu Pińska, gdzie zostały zamaskowane i większości przemalowane w barwy ochronne (kamuflaż składał się z różnej wielkości i kształtu plam w kolorach czarnym, ciemnobrązowym i szarym, na tle zgniłej zieleni).