Efektem rozdziału kościoła od państwa było przyjęcie 10 września 1920 pierwszej w historii kościoła Konstytucji, która weszła w życie 1 stycznia 1921. Na jej mocy oficjalną nazwą kościoła stał się Kościół Ewangelicko-Luterański Bawarii. Prezydentem kościoła został Friedrich Veit. W 1923 miały miejsce pierwsze egzaminy kościelne na uniwersytetach. Nie prowadzono ordynacji kobiet na duchownych, w związku z czym absolwentki uniwersyteckiej teologii pracowały jako nauczycielki religii w szkołach.
Dzięki prezydentowi kościoła w 1924 została podpisana pierwsza umowa regulująca stosunki z nowym państwem. Decyzje o obsadzaniu kościelnych stanowisk pozostawiono w wyłącznej gestii kościoła, przestały o nich decydować władze państwowe.
Kościół Bawarii w III Rzeszy Po dojściu do władzy narodowych socjalistów Friedrich Veit został wezwany z dniem 11 kwietnia 1933 do rezygnacji ze stanowiska prezydenta kościoła, pozostając jedynym jego przewodniczącym posiadającym tytuł prezydenta, gdyż wszyscy jego następcy otrzymywali miano biskupa krajowego. 4 maja 1933 Synod wybrał Hansa Meisera na nowego biskupa Bawarii. Podczas uroczystości inauguracyjnych 11 czerwca 1933 obecnych było wielu przedstawicieli państwowych i członków NSDAP.