Biskup Meiser postanowił jednak o uniemożliwieniu wpływu nazistów na sprawy kościoła, co poskutkowało próbami usunięcia go ze stanowiska, jednak bezskutecznymi.
W odpowiedzi na sytuację w państwie i kościele w 1934 powołany został Kościół Wyznający. Podczas Synodu Kościoła Wyznającego w Augsburgu w 1935 wybrane zostało jego tymczasowe kierownictwo. Działalność Kościoła Wyznającego przyczyniła się do ostatecznej klęski nazistowskiego ugrupowania Niemieccy Chrześcijanie.
Biskup Meiser w wyniku swojego oporu wobec polityki nazistowskiej został ostatecznie jesienią 1934 umieszczony w areszcie domowym, a Kościół Ewangelicko-Luterański Bawarii tymczasowo włączono w struktury Ewangelickiego Kościoła Unii Staropruskiej. W wyniku masowych protestów społeczeństwa, biskup został przywrócony na stanowisko.
We wrześniu 1935 r. teolożka Liesel Bruckner założyła w Norymberdze Bawarską Konwencję Teologiczną, stojąc na jej czele 1970 roku. Instytucja miała zrzeszać bawarskie teolożki i wzmocnić poczucie jedności wśród kobiet w kościele. W odpowiedzi na to Rada Kościelna odmówiła kobietom prawa przystępowania do egzaminów kościelnych.