PCR-ASO, PCR/ASO (ang. Polymerase Chain Reaction/Allele-Specific Oligonucleotide - łańcuchowa reakcja polimerazy/oligonukleotyd specyficzny względem allelu) - jest to technika kombinowana służąca do wykrywania polimorfizmów typu SNP w określonych, zamplifikowanych za pomocą PCR fragmentach DNA, za pomocą tzw. sondy allelospecyficznej, czyli ASO. Technika polega na wykonaniu amplifikacji danego odcinka DNA, a następnie analizie produktów za pomocą hybrydyzacji z sondami.
Zasada metody PCR Przejdź do artykułu.
ASO mały|419x419px|Sonda ASO oraz sekwencja badana - hybryda w pełni komplementarna (na górze) oraz hybryda z niedopasowaniem jednego nukleotydu (na dole). Jest to mutacja w genie ludzkiej β-globiny (A→T) odpowiedzialna za anemię sierpowatą. ASO (ang. allele-specific nucleotide), czyli sonda allelospecyficzna, to krótki oligonukleotyd, zwykle o długości około 15-17 nt, o niskiej zawartości GC, zwykle około 30-50%, komplementarny do badanej sekwencji. Sonda taka zawiera nukleotyd różnicujący, który pozwala odróżnić od siebie poszczególne allele, ponieważ niedopasowanie nawet jednego nukleotydu sprawia, że hybrydy są mniej stabilne. Sondy ASO są relatywnie trudne w projektowaniu, konieczne jest testowanie empiryczne z użyciem kontroli pozytywnej i negatywnej, w ściśle określonych warunkach.