Sondy zwykle są znakowane radioaktywnie (izotopowo), chemiluminescencyjnie lub fluorescencyjnie, na przykład biotyną (biotynylowanie). Odpowiednio zaprojektowane ASO mogą być używane jako startery w PCR (technikę nazywa się wówczas ASO-PCR, ang. allele-specific oligonucleotide polymerase chain reaction, lub ARMS-PCR, ang. amplification refractory mutation system PCR). W badaniu każdej mutacji typu SNP stosuje się parę sond - jedną komplementarną do allelu dzikiego (prawidłowego), drugą do allelu zmutowanego.
PCR-ASO Technika polega na amplifikacji fragmentu materiału genetycznego za pomocą PCR, a następnie hybrydyzacji produktów z sondami ASO. Amplifikację prowadzi się w taki sposób, aby badany pod względem polimorfizmu fragment zawarty był pomiędzy użytymi starterami - gdyby polimorfizm występował w obrębie któregoś ze starterów, amplifikacja niekomplementarnych form mogłaby się nie powieść, fałszując wyniki (w przypadku heterozygot) lub nawet uniemożliwiając dalszą analizę z powodu braku produktu (homozygota zawierająca allel niekomplementarny do użytego startera).
PCR-ASO występuje w dwóch odmianach: