W tym momencie mongolski wódz wycofał się jednak z Anatolii, prawdopodobnie zaniepokojony koncentracją wojsk Mameluków, potencjalnie zagrażających jego południowej flance. W dalszej części roku 1400 i w roku 1401 przeprowadził on zwycięską kampanię przeciwko Mamelukom w Syrii, podczas gdy Bajazyd zdobył Erzindżan i osadził w nim pokonanego przez Timura wodza konfederacji turkmeńskich plemion Kara Kojunlu Kara Jusufa. Po wycofaniu się Bajezyda Timur wysłał przeciwko Turkom swojego syna Szahrucha, który pobił część ich armii. Już przed tym rozpoczęła się wymiana poselstw pomiędzy oboma potęgami, nie doprowadziła ona jednak do zawarcia pokoju. Sytuacja była dla Timura o tyle problematyczna, że Bajazyd cieszył się w świecie islamu wielkim uznaniem jako bojownik świętej wojny (ghazi), zwłaszcza po swoim zwycięstwie pod Nikopolis. Na jego polecenie zatem szejchowie i derwisze zaczęli rozgłaszać wśród armii wieści o rzekomej rozpuście Bajazyda, o tym że jego ulubiona żona jest chrześcijanką itp. Ponadto Timur wypłacił wojsku żołd za siedem lat. Nie zaniedbał także wysłania emisariuszy agitujących przeciwko Osmanom wśród Turkmenów niegdyś podlegających przebywającym na jego dworze emirom, którym nie odpowiadała centralizacyjna polityka Osmanów.