Po wybuchu wojny w 1939 roku sanatorium zawiesiło swoją działalność statutową. Przepełniony rannymi szpital w Olkuszu na około pół roku przeniósł do Jaroszowca część chorych. Po tym okresie obiekt zajęli Niemcy, tworząc na jego terenie szkołę muzyczną, a następnie urząd celny (około 2 km od Szpitala przebiegała granica oddzielająca Rzeszę od Generalnej Guberni), by po roku z powrotem utworzyć szpital przeciwgruźliczy dla Niemców. Po ofensywie Armii Radzieckiej w styczniu roku 1945, Rosjanie utworzyli tu szpital wojskowy, funkcjonujący kilka miesięcy.
Po wojnie postanowiono przywrócić obiekt do działalności sanatoryjnej. Wyremontowano budynki, na nowo doprowadzono prąd, kanalizację i uruchomiono centralne ogrzewanie. Od lipca 1946 roku jednostka wznowiła działalność, lecząc na początku 30 dzieci. Od tej chwili zakład przyjął nazwę: Państwowe Sanatorium dla Dzieci w Rabsztynie. Stopniowo doposażono go w sprzęt medyczny i rehabilitacyjny. Uruchomiono oddziały obserwacyjny i zakaźny, zwiększając liczbę łóżek dla pacjentów do 130. Liczba dzieci, które przez te lata korzystały z sanatorium, wynosiła około 1 300 rocznie.