Waagsteina inspirowały przede wszystkim nordyckie, romantyczne pejzaże, takie jak chociażby duńskie pejzaże z okresu malarstwa złotego wieku, a czasem w jego pracach można zauważyć także wpływy francuskiego impresjonizmu. W wielu swoich obrazach starał się ukazać piękno krajobrazu Wysp Owczych. Jako pierwszy prezentował je na wystawach nie tylko w Tórshavn, lecz także w Kopenhadze, Oslo, Aarhus i Glasgow.

Akwarele Waagsteina wiszą w wielu farerskich domach, a jeden z jego obrazów Syðradalur (Kalsoy) z 1918 można zobaczyć na stałej wystawie Narodowego Muzeum Sztuki Listasavn Føroya. Dzięki pejzażom Waagsteina oraz jego nowatorskich rówieśników Nielsa Kruse oraz Kristin í Geil, mieszkańcy Wysp Owczych mieli sposobność po raz pierwszy doświadczyć opisu własnego krajobrazu. W XX wieku pejzaż stanowił jeden z głównych tematów farerskiego malarstwa.

19 września 2005 roku Jógvan Waagstein został uhonorowany przez Pocztę Føroya tablicą pamiątkową, na której to na znaczkach widnieje dziewięć jego obrazów.

Dzieła (wybór) Śpiewniki

1931 – Gomul føroysk sálmaløg – stare farerskie pieśni kościelne

Obrazy

1917 – Yviri við Strond 1917 – Hoyvíkstjørn 1918 – Syðradalur 1941 – Heygsgarður 1947 – Á Varmakeldu 1949 – Kirkjubøur