Kariera klubowa Na początku kwietnia 2020 roku Deutscher Fußball-Bund obniżyło minimalny wiek dla piłkarza występującego w Bundeslidze z 17 do 16 lat. Dzień po swoich 16 urodzinach (21 listopada 2020) zadebiutował w seniorskiej piłce nożnej w wygranym 5:2 meczu przeciwko Herthcie BSC, zostając najmłodszym piłkarzem, który wystąpił w najwyższej niemieckiej klasie rozgrywkowej. 8 grudnia 2020 zadebiutował w Lidze Mistrzów UEFA, wchodząc na murawę z ławki rezerwowych w 58 minucie w wygranym 2:1 meczu przeciwko Zenitowi Petersburg, stając się najmłodszym piłkarzem, który zagrał w meczu LM. 18 grudnia 2020 Moukoko zdobył swojego pierwszego gola w Bundeslidze, stając się tym samym najmłodszym strzelcem bramki w historii tych rozgrywek. W kwietniu 2021 roku doznał kontuzji stopy, która wykluczyła go z gry do końca sezonu 2020/2021. W sezonie 2020/2021 Borussia Dortmund zwyciężyła w Pucharze Niemiec, a Moukoko, pomimo braku gry w tych rozgrywkach, otrzymał złoty medal.
7 sierpnia 2021 zadebiutował w Pucharze Niemiec, wchodząc z ławki rezerwowych w 85 minucie w wygranym 3:0 meczu przeciwko SV Wehen Wiesbaden.