17 sierpnia 2021 zagrał w przegranym 1:3 meczu z Bayernem Monachium o Superpuchar Niemiec.
1 września 2026 roku został wypożyczony z opcją wykupu do Corum FK.
Kariera reprezentacyjna 11 września 2017 Youssoufa Moukoko zadebiutował w w wygranym 3:1 meczu przeciwko . 3 września 2020 zadebiutował w reprezentacji Niemiec U-20. W marcu 2021 został powołany przez Stefana Kuntza na Mistrzostwa Europy U-21, na turnieju nie rozegrał żadnego meczu. Reprezentacja Niemiec zwyciężyła w tym turnieju, a Moukoko, pomimo braku gry w tych rozgrywkach, otrzymał złoty medal.
16 listopada 2022 zadebiutował w seniorskiej reprezentacji Niemiec w meczu przeciwko Omanowi. 10 listopada tego samego roku został powołany na Mistrzostwa Świata w Piłce Nożnej w 2022 roku. Zagrał w meczu z Japonią, wchodząc z ławki w 90. minucie meczu, stając się tym samym najmłodszym reprezentantem Niemiec, który zagrał na mistrzostwach świata.
Kontrowersje W grudniu 2024 roku domniemany ojciec Moukoko stwierdził: „Youssoufa nie jest moim biologicznym synem, ani synem mojej żony. Nie urodził się również 20/11/2004 w Yaoundé, Kamerun. W rzeczywistości urodził się 19/07/2000. Został zrobiony cztery lata młodszy.