W 1565 węgierski szlachcic Ferenc Forgách zaprosił Bruta do współpracy przy opracowywaniu historii Węgier, jednak dopiero w styczniu 1574 Bruto przyjechał do Kolozsvár i Gyulafehérvár, gdzie powitał go z honorami miejscowy władca Stefan Batory. W Siedmiogrodzie spędził dwa lata, a kiedy w 1576 Batory został wybrany na króla Polski, Bruto przeniósł się do Krakowa, gdzie przydzielono mu dom na Wawelu i zatrudniono jako wykładowcę Akademii Krakowskiej. W 1578 i w 1581 gościł go na Śląsku Andrzej Dudycz. W Krakowie nawiązał kontakty z włoskimi innowiercami (m.in. Faust Socyn i Niccolò Buccella), jednak nuncjusz papieski Caligari podjął starania o powrót Bruta do Kościoła rzymskokatolickiego, co udało się mu w kwietniu 1585, kiedy Bruto wyrzekł się herezji.

Bruto przede wszystkim poświęcił się pisaniu historii Węgier, która musiała wykazać, według życzenia Batorego, bezpodstawność roszczeń Habsburgów do tronu Siedmiogrodu. Śmierć Batorego w grudniu 1586 uniemożliwiła publikację dzieła. Ponadto Bruto radykalnie zmienił swoją postawę polityczną, oddając się w służbę partii habsburskiej i przeniósł się do Wiednia.