rozpoczęty Francesca Contina w 1626 roku został ukończony przez Mattea Cirtoniego trzy lata później. Zbudowano również barokową kampanilę. Pozostałości starego kościoła zachowały w sąsiednich krużgankach. W kościele znajduje się około 500 fragmentów kości, będących relikwiami św. Mikołaja. Ostatnie badania anatomiczne i testy DNA wykazały, że fragmenty kości w tutejszym kościele i te pozostałe w Bari mogą pochodzić z tego samego szkieletu. Według podania zostały one przewiezione na Lido przez flotyllę weneckich krzyżowców, którzy w drodze do Jafy w 1100 roku zatrzymali się w Bari, gdzie wcześniej złożono szczątki świętego, przetransportowane z Miry.
To do tego kościoła przybywał doża podczas uroczystości Festa della Sensa (Wniebowstąpienia Pańskiego), aby uczcić zaślubiny Wenecji z morzem poprzez wrzucenie złotego pierścienia do laguny. Tradycja przetrwała do dziś, choć dożę zastępuje burmistrz.
W 1770 roku zgromadzenie benedyktyńskie zostało zniesione przez Republikę Wenecką.
Na mocy dekretu napoleońskiego Królestwa Włoch z 5 czerwca 1805 roku (oraz kolejnych dekretów) zainicjowano w Wenecji proces kasat i przekształceń kościołów i klasztorów oraz zmian granic parafii. Klasztor został wówczas przekształcony w koszary wojskowe.