Nieprawidłowości przy tej umowie, renegocjowanej osobiście przez Vijayana, kosztowały indyjskiego podatnika blisko miliard rupii. Polityk znalazł się wśród oskarżonych w tej sprawie, w 2013 został wszakże oczyszczony z ciążących na nim zarzutów. Indyjskie federalne Centralne Biuro Śledcze (CBI) odwoływało się od orzeczenia sądu w tej sprawie. Odwołanie to utkwiło niemniej w indyjskim systemie sądowniczym. 20 października 2022 rozprawa mająca na celu przyjrzenie się uniewinnieniu Vijayana została odroczona, po raz trzydziesty trzeci od 2017.
Również jako minister energii i spółdzielczości towarzyszył ówczesnemu premierowi stanowemu E.K. Nayanarowi podczas wizyty w Watykanie z 1997. Spotkał się wówczas z papieżem Janem Pawłem II.
Premier stanowy Pierwsza kadencja right|thumb|Pinarayi Vijayan z premierem Narendrą Modim oraz wiceprezydentem Venkaiahem Naidu podczas otwarcia sieci metra w Koczinie Po zwycięstwie lewicowej koalicji w wyborach stanowych z 2016 otrzymał misję sformowania nowego rządu. Zaprzysiężony został 25 maja 2016, jako zaledwie trzeci szef rządu Kerali wywodzący się ze społeczności Ezhavów. Na swoją doradczynię ekonomiczną powołał Gitę Gopinath, amerykańską ekonomistkę pochodzącą z Kerali.