W 1938 zajmowane przez niego stanowisko otrzymało nazwę „II zastępca dowódcy pułku”.

24 sierpnia 1939, w czasie mobilizacji, objął dowództwo batalionu karabinów maszynowych i broni towarzyszącej nr 5. Na czele tego oddziału walczył w kampanii wrześniowej, w bitwie nad Bzurą. 23 września w Warszawie objął dowództwo II baonu 29 pułku piechoty. 27 września został ranny. W latach 1939–1945 przebywał w niemieckiej niewoli, w Oflagu VII A Murnau. W grudniu 1945 był komendantem Obozu Przejściowego Bazy 2 Korpusu. Po powrocie do kraju był wieloletnim pracownikiem Hrydrobudowy-6.

Zmarł 7 lipca 1966 w Warszawie. Pochowany na Nowym cmentarzu na Służewie w Warszawie.

Alfons Kubosz był żonaty z Zofią, z którą miał dwie córki: Krystynę „Irena”, „Basia” (ur. 1927 we Lwowie) i Ewę ps. „Ala” (ok. 1930–1944). Obie córki wzięły udział w powstaniu warszawskim. Ewa została rozstrzelana przez Niemców 17 sierpnia 1944 przy kościele św. Wojciecha na Woli, natomiast Krystyna walczyła w plutonie 204 Zgrupowania Żaglowiec, a po kapitulacji dostała się do niemieckiej niewoli.