Jego przyrodnią siostrą jest Lucyna GebertJan Olaszek, Konstanty Gebert: redaktor i publicysta prasy podziemnej, Pamięć i Sprawiedliwość, 2014, 13/2 (24), 191–226.. Miał też przyrodniego brata Armanda (1922–2009), dziennikarza z Detroithttps://www.ancestry.com/1940-census/usa/Michigan/Elurira-Gebert_2wskns/amp Ancestry.com..
Z pierwszego małżeństwa z Danutą (z d. Pijewską) ma córkę Natalię, z drugiego małżeństwa z Małgorzatą Jasiczek-Gebert ma troje dzieci: Jana, Zofię i Szymona.
Odznaczenia i wyróżnienia Krzyż Oficerski Orderu Odrodzenia Polski – 2011 – pkt 2. Order Narodowy Zasługi IV klasy – 2018 Odznaka „Zasłużony Działacz Kultury” Medal „Powstanie w Getcie Warszawskim” – 2023 Nagroda im. księdza Józefa Tischnera – 2023Konstanty Gebert i Anna Dymna laureatami Nagrody Znaku i Hestii im. ks. Józefa Tischnera!