Wzdłuż południowo-wschodnich zboczy Mont Risoux ciągnie się synklinalna dolina Joux, którą płynie Orbe, dopływ rzeki Aare w dorzeczu Renu. Na północno-zachodnich zboczach znajdują się źródła rzek Doubs i Brideau (dopływ Saine); te rzeki należą do dorzecza Rodanu. Tak więc Mont Risoux leży w głównym europejskim dziale wodnym: wody płynące na północno-zachodnich zboczach Mont Risoux kończą się na południu w Morzu Śródziemnym, w przeciwieństwie do wód płynących na południowo-wschodnich stokach, kierujących się na północ do Morza Północnego.
Przyroda ożywiona Masyw Risoux charakteryzuje się interesującą florą, z dużym udziałem gatunków wapieniolubnych oraz bogatą fauną. Jest w znacznej mierze pokryty lasami. Wśród nich, zwłaszcza po stronie francuskiej, znajduje się jednak szereg polan z letnimi gospodarstwami pasterskimi. Las Risoux (fr. Forêt du Risoux), porastający południowo-wschodnie (szwajcarskie) stoki masywu Risoux, jest uznawany za największy zwarty kompleks leśny w całej Szwajcarii.