W 1614 władca Japonii Ieyasu Tokugawa wydał edykt zniszczenia chrześcijaństwa, a edykt ten potwierdził w 1616 jego następca Hidetada Tokugawa. Chrześcijaństwo zostało całkowicie zakazane w całej Japonii, jego wyznawcy zostali zobowiązani do przyjęcia buddyzmu lub shintō, a oporni mieli być karani śmiercią. Duża część japońskich katolików nie podporządkowała się edyktowi, co skutkowało okrutnymi represjami ze strony władz. Na przykład 2 września 1622 w Nagasaki zabito przez ścięcie lub spalenie żywcem 52 chrześcijan. Niektórzy chrześcijanie, jak samuraj Ukon Takayama, uciekali z Japonii przed represjami. thumb|200px|Fumi-e
Skutki represji Dokładna liczba ofiar prześladowań nie jest znanaźródła kościelne podają liczbę od 3 do 10 tysięcy ofiar. Podczas Powstania Shimabara zginęło od 27 do 37 tysięcy powstańców., jednak represje charakteryzowały się skrajnym okrucieństwem. Kościół katolicki przestał istnieć jako organizacja, zniszczono wszystkie budynki kultowe, pisma religijne i przedmioty, związane z kultem. Na skutek prześladowań katolicyzm zanikł w Japonii, z wyjątkiem regionu Nagasaki, gdzie nadal duża grupa wyznawców praktykowała chrześcijaństwo w ukryciu- stąd ich nazwa kakure-kirishitan („ukryci chrześcijanie”). Pozostało też w ukryciu 20 jezuitów europejskich.