Władze stworzyły jednak tak skuteczny system nadzoru, że wszyscy duchowni zostali ujęci i zgładzeni. W sumie, do 1644 (data śmierci Mancio Konishi ostatniego księdza i jezuity w Japonii), około 100 jezuitów zginęło okrutną śmiercią. thumb|200px|Ukrzyżowanie 23 franciszkanów w Japonii Powstanie na półwyspie Shimabara (1637–1638) było spowodowane m.in. represjami wobec katolicyzmu i brało w nim udział wielu japońskich chrześcijan. Zostało krwawo stłumione, a powstańcy zabici. W rezultacie nasiliła się polityka izolacjonizmu Japonii (Sakoku) i antychrześcijańskie represje, które trwały kolejne dwa stulecia. W 1640 czterech ambasadorów Portugalii, którzy przybyli z Makau do Nagasaki, było zmuszanych do apostazji, a kiedy odmówili, zostali zabici. Wyznaczono cenę za głowy zagranicznych i rodzimych chrześcijan. Co roku każdy Japończyk był wzywany do podeptania fumi-e (wyobrażeń Chrystusa lub Maryi), aby udowodnić, że nie są chrześcijanami. Kontrolowano ich też, czy uczestniczą w kulcie buddystycznym lub shintō.
Przy wykrywaniu chrześcijan władze japońskie korzystały z pomocy renegatów, takich jak np. były jezuita Cristóvão Ferreira, który przyjął buddyzm i pod nowym imieniem Chūan Sawano stał się agentem japońskim.