13 sierpnia zostali ujęci przez ludzi sioguna Iemitsu Tokugawy i 21 sierpnia 1642 przewieziono ich do Nagasaki, gdzie zginęli po kilku dniach tortur. W 1643 do Japonii dotarło pięciu innych jezuitów, których też ujęto i skazano na tzw. "torturę dołu". Po kilku dniach wszyscy załamali się i dokonali apostazji. Tragicznie zakończyła się misja dominikanów z Filipin w 1647. Nie wiadomo, czy podjęto inne próby takich misji. Ostatnim znanym jest Abbé Sidotti, włoski misjonarz, który w 1708, w wieku 40 lat, wylądował sam na japońskim wybrzeżu. Ujęty i osadzony w więzieniu, ochrzcił tam swoich dwóch strażników i zmarł po pięciu latach.
Otwarcie Japonii Japonia pozostawała całkowicie zamknięta do połowy XIX wieku. Dopiero od kwietnia 1844 na wyspę Okinawa zaczęli przybywać francuscy misjonarze, którzy nie mieli jednak wstępu na główne wyspy japońskie. 8 października 1858 podpisano traktat między Francją a Japonią, który pozwalał na obecność misjonarzy i na budowę kościołów dla cudzoziemców w "otwartych portach" Japonii. W nowym kościele w Nagasaki (obecnie: Bazylika 26 męczenników japońskich) 17 marca 1865 po raz pierwszy po ponad 200 latach ujawniła się przed księdzem B. Petitjeanem grupa 15 "ukrytych chrześcijan", zapewniając go, że jest ich bardzo wielu, co najmniej 50 000. W 1866 ks.