Na miejscu pozostały tylko niewielkie grupy uzbrojonych bojowników, złożone głównie z etnicznych Gruzinów z Gagry i okolic. Jednak 1 października strona abchaska naruszyła porozumienie i rozpoczęła atak na Gagrę na pełną skalę. Natarcie z kilku stron było dobrze skoordynowane i prowadzone głównie przez bojowników czeczeńskich (pod dowództwem Szamila Basajewa) oraz przedstawicieli innych narodów północnokaukaskich. Słabe, gruzińskie oddziały w Gagrze szybko utraciły kontrolę nad przedmieściami miasta (osiedla Leselidze i Kolkhida) i po wycofaniu się do centrum miasta zostały ostatecznie zniszczone do końca dnia 1 października. Wraz z upadkiem Gagry ludność gruzińska znalazła się na łasce abchaskich separatystów i ich sojuszników. Pierwsze masakry i akty czystki etnicznej zostały popełnione właśnie podczas bitwy o Gagrę.
Z centrum Gagry oraz osiedli Leselidze i Kolchida wyłapywano Gruzinów bez względu na wiek i zabijano. Kiedy tylko separatyści wkroczyli do miasta, ludność cywilna stała się celem masowych mordów. Głównymi celami byli młodzi ludzie i dzieci. Według relacji naocznego świadka:
Kobiety i młode dziewczęta schwytane przez bojowników stały się ofiarami gwałtów i tortur.