Objawy thumb|Śmierć Peryklesa podczas zarazy w Atenach Wiele z objawów zostało opisanych w Wojnie peloponeskiej TukidydesaTukidydes: Wojna peloponeska (tłum. Kazimierz Kumaniecki). Wrocław 2004, s. 114–115. i do dziś jest ona w tej kwestii podstawowym źródłem, z którego korzystają naukowcy. Początkowo chory miał wysoką gorączkę i piekące, zaczerwienione oczy. Następnie „jama ustna i język nabiegały krwią”, pojawiały się też problemy z oddychaniem, po kilku dniach także katar i chrypka. Kilka dni później problemy z oddychaniem się nasilały, dodatkowo chory miał też nudności i wymiotował. Około 7–9 dnia choroby pojawiała się gorączka wewnętrzna i pęcherze na ciele – wówczas chory najczęściej umierał. Większość z tych, którzy przetrwali ten okres, umierało kilka dni później z osłabienia połączonego z biegunką. Na pełne wyzdrowienie nie mógł liczyć prawie nikt: ludzie tracili genitalia, palce rąk i nóg, niekiedy nawet wzrok. Wielu z nich cierpiało też później na demencję.
Skutki zarazy mały|Rekonstrukcja szkieletu Myrtis, 11-letniej dziewczynki zmarłej w czasie zarazy ateńskiej, Narodowe Muzeum Archeologiczne w Atenach W Atenach podczas epidemii zapanował ogólny zamęt.