Zainteresowania badawcze i współpraca międzynarodowa Zajmował się fizyką najmniejszych składników materii. Swoją pracę badawczą prowadził początkowo we współpracy z: Laboratorium Wysokich Energii Zjednoczonego Instytutu Badań Jądrowych w Dubnej (ZIBJ), Laboratorium Rutherforda w Didcot oraz Narodowym Laboratorium im. E. Fermiego w Batavii. W latach 80. ubiegłego wieku zorganizował w Instytucie Problemów Jądrowych zespół, który w ramach międzynarodowego programu badawczego Europejskiej Współpracy MionowejUdział Polaków w eksperymentach mionowych w CERN prowadził badania struktury protonów.
Zajmował się też badaniem zjawiska łamania symetrii ładunkowo-przestrzennej w rozpadach mezonów K. Podstawowym narzędziem badawczym w tych eksperymentach był akcelerator cząstek SPS w CERN w Genewie. Reprezentował polskich fizyków w Radzie CERN, był przewodniczącym Komisji Programowo-Doradczej Fizyki Wysokich Energii Rady Programowej ZIBJ w Dubnej, członkiem Rady Naukowej DESY w Hamburgu, kierował pracami Komisji Wysokich Energii Rady ds. AtomistykiZmarł prof. Jan Paweł Nassalski. Jest autorem ponad 200 prac naukowychPublikacje prof. Jana Nassalskiego wg Google Scholar.
Życie prywatne Żona Helena Idziak. Dzieci: Franciszek (ur. 1980), Antoni (ur.