W roku akademickim 1934/1935 prowadził wykłady zlecone w KUL.
Praca na UJ Od 1936 zamieszkał na stałe w Krakowie i podjął pracę w Gimnazjum im. B. Nowodworskiego oraz rozpoczął prowadzenie kilku godzin wykładów i seminarium na UJ w miejsce emerytowanego w 1934 Stanisława Windakiewicza. Początki nie były bardzo obiecujące, lecz środowisko krakowskie, gdzie przy profesorze Chrzanowskim pracowali jego uczniowie Pigoń i Kołaczkowski, krzepiło go atmosferą życzliwości i troskliwości.
Ofiara Sonderaktion Krakau, tajne nauczanie Druga wojna światowa zastała dr Kamykowskiego w Krakowie. Po niefortunnej ucieczce w lubelskie wrócił już we wrześniu do Krakowa. 6 listopada 1939 znalazł się wraz z innymi pracownikami UJ i AGH w Collegium Novum i został aresztowany w ramach Sonderaktion Krakau (173 osoby). Po kilku tygodniach pobytu w więzieniach w Krakowie (m.in. na Montelupich) i we Wrocławiu trafił do obozu koncentracyjnego Sachsenhausen. Zwolniony z obozu, powrócił do Krakowa w pierwszych dniach lutego 1940 z zaawansowaną gruźlicą.