Podczas okupacji początkowo rozpoczął nauczanie w szkole zawodowej, a następnie podstawowej. Gruźlica rozwijała się coraz gwałtowniej. Nie pomógł paromiesięczny pobyt na wsi, ani leczenie w sanatorium w Radziszowie. Wyczerpywała go praca nauczycielska w szkole powszechnej, a szczególnie mocno dotknęła go śmierć jedynej córki. W czasie okupacji pomimo tragicznego stanu zdrowia brał udział w tajnym nauczaniu uniwersyteckim (Tajna Organizacja Nauczycielska) i usiłował kontynuować pracę naukową uzyskując dostęp do Biblioteki Jagiellońskiej. Przy coraz gorszych warunkach, przy atakach krwotoku nie ustawał w pracy. Na zebraniu Komisji literackiej P. A. U. przedstawił rezultat żmudnych poszukiwań nad biografią Jakuba Trembeckiego, który okazał się arianinem Ryniewiczem. Równocześnie opracowywał skrzętnie zbierany materiał do dziejów kolędy polskiej, ale tu już trudno było mu myśleć o dojściu do jakiejś syntezy.