Najważniejszą była jednak praca wykładowcy w Seminarium Duchownym (1951–1988) oraz duszpasterstwo w kościele na Terlikówce. Jednocześnie uzupełnił swoje studia nad j. syryjskim, które uwieńczył egzaminem na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim w 1965. W Wyższym Seminarium Duchownym był wykładowcą patrologii (1951–1988), greki (1951–1988), łaciny (1956–1966) i niemieckiego (1956–1967). Od początku lat pięćdziesiątych związał się z kościołem w Tarnowie-Terlikówce, gdzie najpierw jako wikariusz katedralny, potem wikariusz eksponowany, a wreszcie rektor, prowadził i rozwijał duszpasterstwo. Tamtejszej wspólnocie pozostał wierny także wtedy, gdy w 1994 utworzono tam parafię i mianowany został nowy proboszcz. 19 stycznia 1976 przeprowadził przewód habilitacyjny w Akademii Teologii Katolickiej w Warszawie. W 1994 przeszedł na emeryturę. Ostatnie miesiące życia spędził w Domu Księży Emerytów w Tarnowie.
Tłumaczenia Ojców Kościoła dokonane przez Wojciecha Kanię stanowią znaczącą część wszystkich liczących się polskich serii patrystycznych. Szczególne zasługi ma w przybliżeniu polskim czytelnikom ojców syryjskich.