Następnie udali się do Tychów.
Kontny zamieszkał w swoim rodzinnym domu w Paprocanach, pełniąc posługę duszpasterską w miejscowej kaplicy. Pracował też nad jej odnowieniem.
28 maja 1941 r. został aresztowany za działalność patriotyczną i duszpasterską. Był osadzony w więzieniu w Mikołowie. Zwolniony po dwóch tygodniach, został zmuszony do przeniesienia się do Lędzin, gdzie pełnił posługę w miejscowej parafii.
28 stycznia 1945 r. do Lędzin wkroczyła radziecka Armia Czerwona, wypierając wojska hitlerowskie. Dzięki biegłej znajomości języka rosyjskiego Kontny wynegocjował powrót 70 jeńców wojennych do ich domów. Byli to żołnierze wcieleni do armii niemieckiej, których domy pierwotnie znajdowały się na terenie II RP.
Śmierć i pogrzeb 1 lutego 1945 r. po porannej mszy dwie dziewczyny przybiegły do plebanii, szukając pomocy. Zostały wysłane przez matkę, aby wezwać pomoc przeciwko żołnierzom radzieckim, którzy próbowali porwać i zgwałcić dziewczyny. Kontny szybko pobiegł na miejsce, gdzie próbował negocjować z sowieckim oficerem. Radziecki oficer wyciągnął pistolet i zagroził, że zabije Kontnego, jeśli nadal będzie przeszkadzał. Kontny został pochwycony przez żołnierzy radzieckich, pobity, zastrzelony.