Przebieg i próby rozwiązania konfliktu Holandia angażowała w konflikt przede wszystkim marynarkę wojenną, która prowadziła działania przeciw portom oraz blokadowe w celu niedopuszczania dostaw broni i sprzętu. Działania lądowe miały głównie charakter policyjny, realizowane przez pododdziały piechoty morskiej z jednostek desantowych.
W 1946 roku strony podjęły rokowania i w październiku tego roku miało miejsce zawieszenie broni. 15 listopada 1946 roku podpisano porozumienie w Linggadjati, na mocy którego Holandia uznała faktyczne władztwo Indonezji na wyspach: Sumatra, Jawa i Madura. Porozumienie nie satysfakcjonowało jednak stron i było krótkotrwałe, po czym wznowiono walki. Między 21 lipca a 4 sierpnia 1947 roku Holandia przeprowadziła działania militarne na większą skalę.
19 stycznia 1948 roku zawarto rozejm na pokładzie amerykańskiego transportowca USS „Renville”. Tym razem trwał on do grudnia tego roku. Między 18 grudnia a 28 stycznia 1949 roku Holandia ponownie przeprowadziła działania na dużą skalę, które w zasadzie przywróciły jej kontrolę nad Indiami Wschodnimi.