Mimo sukcesów militarnych, po II wojnie światowej zrozumienie na Zachodzie zyskała potrzeba dekolonizacji i Holandia była poddawana naciskom międzynarodowym na pokojowe rozwiązanie problemu kolonii. Powołano również Komisję ONZ do spraw Indonezji. 24 grudnia 1948 roku Rada Bezpieczeństwa Organizacji Narodów Zjednoczonych wezwała Holandię do przerwania działań wojennych. W efekcie, 14 kwietnia 1949 roku Holandia podjęła rokowania w Dżakarcie, a 3 sierpnia nastąpiło ponowne zawieszenie broni.
23 sierpnia 1949 roku rozpoczęła się konferencja w Hadze poświęcona przyszłości Indonezji. W jej efekcie 27 grudnia 1949 roku Holandią przekazała władzę nad kolonią nowo utworzonym Stanom Zjednoczonym Indonezji, które były połączone z nią unią. Przy Holandii pozostała jedynie Nowa Gwinea Holenderska, zamieszkała przez Papuasów, której status miał być uregulowany w późniejszym terminie (o którą później toczyły się walki w latach 1961-62).
Na początku 1950 roku holenderska administracja i wojsko zostały wycofane z Indonezji. Już w sierpniu jednak