W okresie wiedeńskim poznał Albana Berga, którego muzyka wpłynęła na estetykę Kofflera. Koffler wrócił do Polski i osiedlił się we Lwowie w 1925 roku. Nauczał tu w latach 1924–1941 kompozycji, instrumentacji, form muzycznych i harmonii w Konserwatorium Polskiego Towarzystwa Muzycznego. Popularnością cieszyły się jego kursy z dziedziny kompozycji atonalnej, gdzie jednym z jego uczniów był znany kompozytor Roman Haubenstock-Ramati. Na początku lat trzydziestych Koffler zetknął się z Arnoldem Schönbergiem i jego dodekafoniczną techniką kompozytorską, która miała znaczny wpływ na jego twórczość. W tym samym czasie został wybrany na członka Zarządu Stowarzyszenia Kompozytorów Polskich w Warszawie oraz Związku Polskich Muzyków Pedagogów.

Józef Koffler działał także jako krytyk i publicysta muzyczny. W latach 1930–1938 był redaktorem naczelnym czasopisma „Orkiestra”, a w latach 1936–1937 publikował także w czasopiśmie „Echo”. Jego artykuły ukazywały się także innych polskich czasopismach. Po Wrześniu 1939 i zajęciu miasta przez armię sowiecką Józef Koffler został kierownikiem katedry kompozycji i prorektorem nowo utworzonego państwowego konserwatorium we Lwowie.