Pierwszym Polakiem w Japonii był jezuita Wojciech Męciński, który w okresie prześladowań religijnych przyjechał tam z misją w 1642. Pojmany przez władze, był torturowany i zginął śmiercią męczeńską. Drugim był podróżnik Maurycy Beniowski, który w 1771, uciekając z zesłania na Kamczatce miał dotrzeć do Japonii.
Pierwszym Japończykiem na ziemiach polskich był major Yasumasa Fukushima, który w 1892-93 konno przejeżdżał trasę Berlin-Władywostok. Nawiązał wówczas kontakty z polskimi działaczami ruchów niepodległościowych i zesłańcami na Syberii. Jego raporty ukazały Japończykom tragiczne losy Polski pod zaborami. Swoje wrażenia z Polski uciemiężonej pod zaborami Fukushima przekazał poecie Naobumi Ochiai, który opisał je w wierszu Pōrando kaiko (Wspomnienie Polski)Polska w Japonii, Serwis Rzeczypospolitej Polskiej, dostęp 2021-01-31..
Na przełomie XIX i XX wieku do Japonii przybyli dwaj polscy zesłańcy z Syberii, etnolog Bronisław Piłsudski (badacz języka i kultury Ajnów na Hokkaido) oraz etnograf i pisarz Wacław Sieroszewski, który pisał potem o Japonii we wspomnieniach i opowiadaniach.