W latach 1989–1992 był ponownie przewodniczącym Komitetu Zakładowego zalegalizowanej „Solidarności” w Przedsiębiorstwie Gospodarki Mieszkaniowej „Śródmieście” w Krakowie. W latach 1990–1992 był członkiem Zarządu Regionu Małopolska „Solidarności”. W latach 1990–1996 pracował jako kierownik administracji Zarządu Regionu Małopolska „Solidarności” i kierownik budynku. W latach 1995–1998 był członkiem Komitetu Zakładowego Pracowników Zarządu Regionu Małopolska „Solidarności”.
Według jego córki Katarzyny Kubisiowskiej, Edward Kubisiowski wycofał się z działalności związkowej w latach 90., bo krytycznie oceniał przemiany zachodzące w „Solidarności” w obliczu transformacji ustrojowej. W ocenie Tadeusza Isakowicza-Zaleskiego „nie sprzeniewierzył się nigdy etosowi Solidarności”.
Od 2009 był na emeryturze. Utrzymywał się ze skromnej emerytury w wysokości 1150 złotych. W 2011 zdiagnozowano u niego czerniaka. Jego rodzina wnioskowała do Narodowego Funduszu Zdrowia o sfinansowanie terapii kosztującej 400 tys. złotych. NFZ nie udzielił mu wnioskowanego wsparcia.