W toku dalszej służby awansował do stopnia sierżanta, a potem starszego sierżanta.
Po kampanii wrześniowej powrócił do Włocławka i zaangażował się w działalność konspiracyjną. Od 1942 r. był zastępcą komendanta Rejonu Brześć Kujawski w Obwodzie Włocławek Inspektoratu ZWZ-AK Włocławek. Stanowisko komendanta rejonu zajmował wówczas ppor. rez. Kazimierz Wróbel. Starszy sierżant Jan Stasiak używał pseudonimów „Stach” i „Sojak” i pozostawał w tym czasie pracownikiem cukrowni w Brześciu Kujawskim. Był jednym z organizatorów struktur Związku Walki Zbrojnej i Armii Krajowej na terenie gminy Lubraniec.
Aresztowany w czerwcu 1944 roku we Włocławku, podczas dużej akcji Gestapo wymierzonej przeciwko włocławskiemu podziemiu. Dnia 7 sierpnia 1944 r. przywieziony do więzienia w Radogoszczu. W dniu 24 grudnia tr. przeniesiony na izbę chorych (sala III). Zamordowany wraz z pozostałymi więźniami (około 1500 osób) w nocy z 17 na 18 stycznia 1945 roku. Jest jedną z zaledwie 28 rozpoznanych ofiar tej masakry. Pochowany w imiennym grobie na cmentarzu Św. Rocha w Łodzi – Radogoszczu. Grób nie zachował się.
Postanowieniem Sądu Grodzkiego we Włocławku z 17 grudnia 1947 r.