W 1681 r. książę Neuburga Filip Wilhelm Wittelsbach, późniejszy elektor Palatynatu (1685–1690), ufundował przy kościele kapitułę, a kościół otrzymał godność kolegiaty. Część kanoników kapitulnych została pochowana w krypcie kolegiaty. Pielgrzymka i czczenie cudownej figury ustały w epoce Oświecenia. Kapituła, składającą się z dziekana i sześciu kanoników, została skasowana w 1803 r. w wyniku sekularyzacji. Kolegiata stała się miejskim kościołem parafialnym. Cudowna figura Marii Panny trafiła do neuburskiego klasztoru „angielskich panien” na Luisenhöhe.
Główne remonty prowadzono po uszkodzeniu dachu 31 stycznia 1703 r. w trakcie wojny o sukcesję hiszpańską, w 1772 r. (nowe przykrycie hełmu wieży) i w latach 1853/54 r. (konserwacja wnętrza). W 1765 r. kościół został ponownie konsekrowany - prawdopodobnie z powodu remontu, obejmującego przebudowę ołtarza głównego.
Ostatni gruntowny remont kościół przeszedł w latach 1983-1988.