Homobasidiomycetes występowały w większości, jeśli nie we wszystkich głównych klasyfikacjach w XX wieku i różnice dotyczą tylko tego, która z grup łączących cechy hetero- i homobasidiomycetes jest włączona. Skład Heterobasidiomycetes był bardziej zmienny. Oprócz zmiennego włączania lub wykluczania grup o cechach pośrednich, często dzielono je na dwie różne grupy. Przez większą część XX wieku żaden z sześciu systemów klasyfikacyjnych nie zdobył dominacji nad innymi.
Heterobasidiomycetes obecnie W wyniku badań mykologów pod koniec XX wieku okazało się, że Heterobasidiomycetes są polifiletyczne. W ostatnim ćwierćwieczu XX wieku mikrografia aparatu porów przegrody zaczęła wyjaśniać prawdziwe związki filogenetyczne u podstawczaków. Jednak dopiero po zastosowaniu badań metodami biologii molekularnej w latach 90. i na początku 2000 r. taksonomia grzybów osiągnęła konsensus. Obecnie Heterobasidiomycetes nie są już taksonem, a wcześniej do nich zaliczane gatunki należą do różnych grup grzybów. Pojęcia homobasidiomycetes i heterobasidiomycetes nadal są używane, ale już nie jako taksony, lecz określenie nieformalnych grup grzybów o określonych cechach.