Do Heterobasidiomycetes zaliczano: trzęsakowce (Tremellales), uszakowce (Auriculariales), łzawnikowce (Dacrymycetales), Sebacinales, głowniaki (Ustilaginomycetes), rdzowce (Pucciniales).
Problemy klasyfikacyjne Niektóre taksony, takie jak Dacrymycetaceae, Ceratobasidiaceae lub Tulasnellaceae, ze względu na posiadanie kombinacji cech hetero- i homobasidiomycetycznych, były trudne do ostatecznego przypisania do którejkolwiek z grup, co skutkowało różnym ich traktowaniem w różnych systemach klasyfikacyjnych. Na przykład Dacrymycetaceae posiadają bardzo duże sterygmy o nieregularnym kształcie oraz samoreplikujące się zarodniki, ale mają bezprzegrodowe podstawki. Tulasnellaceae mają samoreplikujące się zarodniki i mocno nabrzmiałe sterygmy, które są oddzielone od podstawki przegrodą u podstawy, jednak sam korpus podstawki nie jest podzielony, a sterygmy i podstawka mają dość regularny kształt. Ceratobasidiaceae mają aseptyczne podstawki, ale sterygmy są dość duże i nieregularne, a zarodniki same się rozmnażają.