Po wkroczeniu Niemców do Sanoka, nastaniu okupacji i ustanowieniu w mieście władz cywilnych złożonych z Ukraińców szefujący tzw. „radą miejską” Mazur zażądał wpłaty od Żydów 50 tys. zł. kontrybucji, po czym Werner (m.in. z adwokatem dr. Izakiem Nehmerem) brał udział w próbie zbiórki całej kwoty, zaś wobec niezrealizowania tego udał się z dwoma rodakami do władz niemieckiej komendantury miasta. Tam w ich imieniu przedstawił sprawę, a w odpowiedzi usłyszał, że nie muszą uiszczać tej sumy Ukraińcom. W związku z tym został mianowany przewodniczącym Judenratu w Sanoku (powołanego na polecenie władz okupacyjnych), zaś dwaj jego towarzysze wspomnianej delegacji (Majlech Ortner i Berl Jarmark) zasiedli w składzie kierownictwa tego komitetu (innymi członkami Judenratu zostali Lejbisz Strassberg i Lejb Strenger, zaś ten ostatni i Jarmark po pewnym czasie opuścili to gremium). Werner nie został wybrany na to stanowisko oficjalnie, ale piastował je do końca życia. Jako przedstawiciel żydowskiej kongregacji uczestniczył w przeprawach przybyłych do Sanoka żydowskich uchodźców przez rzekę San na stronę pozostającą po agresji ZSRR na Polskę z 17 września 1939 pod okupacją sowiecką (gestapo przyzwoliło na takie przeprawy jednorazowo grupie około 500 ludzi przy spełnieniu wymogu przedłożenia listy uczestników).