Według relacji Hadassaha Herzoga-Lezera podczas jednej z takich przepraw Werner uratował tonącą kobietę. Na co dzień członkowie Judenratu przedstawiali Niemcom listę Żydów zdolnych do pracy zgodnie z zarządzonym wymogiem. Pod koniec 1940 kierowany przez Wernera Judenrat wystąpił do Niemców z inicjatywą utworzenia w pobliskim Zasławiu obozu pracy dla żydowskich rzemieślników, który istniał potem jako Zwangsarbeitslager Zaslaw.
W 1941 Wernerowie zostali zmuszeni do opuszczenia swojego mieszkania, po czym najęli lokum o mniejszej powierzchniNie jest jasne, czy zostali wtedy wykwaterowani z kamienicy przy ul. 3 Maja czy z kamienicy przy ul. Kazimierza Wielkiego.. Z kolejno zajmowanych mieszkań byli oni trzy razy usuwani, a finalnie trafili do getta w Sanoku. Wraz z degradacją sytuacji prywatnej także stosunki Judenratu z gestapo z początkowo względnie akceptowalnych (np. prowadzono rozmowy z funkcjonariuszami, Werner gościł u siebie w domu SS-Manna Klugego) od początku 1942 zmieniły się na gorsze. W związku z tym osłabła także rola i siły wpływu Judenratu. Wobec trwających od tego czasu w Sanoku egzekucji Żydów miejscowy Judenrat był bezradny (wcześniej skuteczne okazywały się np. przekonywania Niemców czy wręczanie im łapówek celem uwolnienia rodaków) i w tych przypadkach był jedynie obowiązany do pochowania zwłok ofiar.