Po zarządzonej na 5 września 1942 masowej akcji wysiedlenia Żydów z Sanoka, wywieziono prawie 5 tys. z nich do Zasławia (potem wielu z nich przetransportowano do obozu zagłady w Bełżcu), w wyniku czego w sanockim getcie pozostało zaledwie około 200 osób. Wśród nich był Werner z rodziną (wcześniej przekazał on swoją matkę do ukrycia w jednej z wsi) Los matki Leona Wernera jest nieznany. Następnie uczestniczyli oni w instalacji ogrodzenia z drutem kolczastym wokół getta, a w tym okresie byli przejściowo ulokowani w pobliskich koszarach przy ul. Adama Mickiewicza w Sanoku. W tym czasie aresztowani przez gestapo i osadzeni w sanockim więzieniu zostali żona i synowie Wernera, który na żądanie Niemców dokonał wpłaty okupu i jego bliscy po pięciu dniach odzyskali wolność. Wszyscy czworo zamieszkali w niewielkim, jednopokojowym mieszkaniu na terenie getta. Werner nadal działał w Judenracie, przeniesionym na teren getta. Wobec narastającej fali eksterminacji ludności żydowskiej przygotował dla żony i synów fałszywe kenkarty, imitujące dla nich obywateli wyznania chrześcijańskiego.