W 1142 w okolicy Sedlca założono opactwo Sedlec — pierwszy cysterski klasztor w Czechach — przez mnichów z opactwa Waldsassen w Bawarii. Problemy ekonomiczne opactwa rozwiązało odkrycie złóż srebra w pobliżu, co przyciągnęło nowych osadników, zwłaszcza z pobliskich niemieckojęzycznych regionów. Wydobycie srebra rozpoczęto w 1260. W początkowym okresie górnictwa powstało kilka bezimiennych osad. Pierwsza wzmianka o Kutnej Horze (pod łacińską nazwą Mons Cuthna) pochodzi z 1289.
W 1300 król Wacław II wydał nowy królewski kodeks górniczy Ius Regale Montanorum, który regulował wszystkie aspekty administracyjne i techniczne związane z kopalniami. Kutná Hora stała się centralnym miejscem mennictwa Królestwa Czeskiego, a mennica została przeniesiona z Igławy do Włoskiego Dworu (Vlašský dvůr), gdzie wprowadzono reformę monetarną przy udziale włoskich ekspertów. W tym okresie miasto stało się drugim co do ważności miastem Królestwa Czeskiego po Pradze.