Kutnohorský náboženský mír, który potwierdzał długotrwałą tolerancję religijną.

Kryzys i upadek W XVI wieku Kutná Hora zaczęła tracić na znaczeniu z powodu wyczerpywania się złóż srebra. W 1543 zamknięto najsłynniejszą kopalnię Osel, a w 1547 zakończono produkcję groszy praskich. W 1625, po bitwie na Białej Górze, miasto zostało zmuszone do rekatolicyzacji, co doprowadziło do emigracji wielu mieszkańców i upadku gospodarki. Podczas wojny trzydziestoletniej miasto zostało dwukrotnie splądrowane przez wojska szwedzkie, co pogłębiło jego kryzys. W 1625 zamknięto kopalnie w strefie Kaňk, a mennica produkowała monety z obcego srebra. W 1628 miasto odzyskało swoje przywileje, ale dotyczyły one tylko katolickich mieszkańców.

W XVII i XVIII wieku Kutná Hora starała się odbudować swoją pozycję, jednak próby przywrócenia wydobycia srebra okazały się nierentowne. W 1727 zamknięto mennicę, a w 1812 w dawnym klasztorze cystersów w Sedlcu otwarto fabrykę tytoniu. W XIX wieku miasto stało się ośrodkiem rzemiosła i handlu, a w 1823 pożar zniszczył większość domów we wschodniej części miasta.