Zamknął zakłady i młyny w Elblągu, jedynie dzięki pomocy państwa zachował młyn w Braniewie, który nadal funkcjonował i przynosił dochody. Grunau dalej inwestował w Braniewie – w 1857 za ok. 9 tys. talarów wybudował na 143 stopy długi i 23½ stopy szeroki jaz na Pasłęce (istniejący do dziś – na zdjęciu obok), ponadto zakupił nowszą technologię do mielenia zboża w młynie.
Kolejna wojna prusko-duńska 1864 spowodowała kolejną blokadę żeglugi przez Danię i tym razem doprowadziła Grunaua do ogłoszenia upadłości. W 1866 Ignatz Grunau zawarł ugodę z wierzycielami i dalej zarządzał braniewskim młynem. Jednak podeszły wiek i choroby zmusiły go do przekazania (wydzierżawienia) tej ostatniej nieruchomości swojemu synowi Georgowi. Ignatz powrócił do rodziny w Elblągu i po dwóch miesiącach zmagania się z rakiem żołądka umarł 8 marca 1868. Pochowany został 13 marca na cmentarzu św. Mikołaja.
Życie prywatne Ignatz Grunau ożenił się 27 października 1818 z Anną Dorotheą z domu Ehm. Mieli sześcioro dzieci, trzech synów i trzy córki.