Do mniej więcej połowy XVI wieku głównym celem inkwizytorów Cuenci byli marrani, podejrzewani o potajemne praktykowanie judaizmu. Ich prześladowania w Cuence trwały dłużej niż w wielu innych częściach Hiszpanii, takich jak Toledo, Walencja czy Majorka, gdzie wygasły pomiędzy 1525 a 1535. W Cuence marrani byli głównym celem inkwizytorów aż do lat 50. XVI wieku, a ostatnie procesy odbyły się jeszcze na początku lat 90. Jednak w drugiej połowie XVI wieku głównym celem inkwizytorów stali się przesiedlani w te rejony z Grenady moryskowie, czyli ochrzczeni potomkowie Arabów, podejrzewani o potajemne praktykowanie islamu. Ponadto, w coraz większym stopniu trybunał zwracał uwagę na prawowierność tzw. „starych chrześcijan”, czyli rdzennych Kastylijczyków, jednak w ich przypadkach zarzuty dotyczyły najczęściej nie herezji, lecz bluźnierstw lub inne drobnych występków przeciwko wierze i moralności katolickiej. W nielicznych tylko przypadkach stawiano zarzuty o luteranizm lub jakieś inne poważniejsze odstępstwo religijne od wiary katolickiej.