Spośród 457 podsądnych co najmniej 62 spalono na stosie, a co najmniej 116 skazano na stos zaocznie lub pośmiertnie, co skutkowało wykonaniem jedynie symbolicznej egzekucji (in effigie).
W grudniu 1499 doszło do połączenia trybunałów z Cuenci, Siguenzy i Osmy, a w 1501 dołączono jeszcze diecezję Calahorry i kraje baskijskie. Prawdopodobnie główną siedzibą utworzonego w ten sposób trybunału była Siguenza, gdyż nieliczne udokumentowane procesy z pierwszej dekady XVI wieku miały miejsce właśnie na terenie diecezji Siguenzy. Stan ten trwał jednak krótko. W 1506 rozwiązano trybunał z Siguenzy, a obszar jego jurysdykcji podzielono między trybunały z Murcji, Toledo, Valladolid i Durango. Diecezja Cuenci przekazana została pod władzę trybunału z Murcji. Ten stan trwał z kolei do 1510, gdy oba te okręgi odseparowano, a Cuenca otrzymała własny trybunał inkwizycyjny. Więzi z Murcją nie zostały jednak całkowicie zerwane, w 1512 wielki inkwizytor kardynał Francisco Cisneros de Jimenez nakazał inkwizytorom obu okręgów przeprowadzanie wzajemnych konsultacji i wspólne uzgadnianie treści wyroków.
Ostateczne uformowanie się w pełni samodzielnego trybunału inkwizycyjnego w Cuence nastąpiło w 1522. Zniesiono wówczas obowiązek konsultacji z trybunałem z Murcji, a jednocześnie inkwizytorom Cuenci podporządkowano diecezję Siguenzy.