Latem 1943 roku miały miejsce wydarzenia, które japońskie władze określiły mianem „incydentu sandakańskiego”. Kempeitai rozbiła wtedy jeniecki ruch oporu oraz współpracującą z nim cywilną siatkę konspiracyjną z Sandakanu. W obozie odnaleziono potajemnie zbudowane przez Australijczyków nadajnik radiowy i radioodbiornik. Od tego momentu sytuacja jeńców stale się pogarszała. W sierpniu i październiku 1943 roku z obozu usunięto większość kadry oficerskiej, przenosząc ją do obozu jenieckiego Batu Lintang w Kuchingu. Na miejscu pozostało tylko ośmiu oficerów australijskich i dziesięciu oficerów brytyjskich. W czerwcu 1944 roku stu jeńców, w tym 99 Brytyjczyków przeniesiono do obozu na wyspie Labuan.
Jeńców z Sandakanu uznano za szczególnie buntowniczo nastawionych, stąd dowództwo japońskiej 37 Armii zarządziło zmniejszenie racji żywnościowych, licząc na to, że w przypadku alianckiej inwazji osłabieni głodem jeńcy nie będą w stanie wszcząć buntu. O ile w 1942 roku jeńcy wykonujący ciężkie prace fizyczne otrzymywali dzienną rację 750 gramów ryżu, a pozostali – 550 gramów, o tyle po „incydencie” stopniowo ją zmniejszano, aż wreszcie w styczniu 1945 roku wynosiła zaledwie 70 gramów na osobę. Ponadto w sierpniu 1944 roku zaprzestano wydawania warzyw, a miesiąc później na stałe zamknięto jeniecką kantynę.